北京大学第六医院药物临床试验机构，承担新药的I期、II期、III期、IV期临床试验的管理和实施。1989年被卫生部新药审评中心任命为第一批新药临床研究基地，精神专业;1998年药监局复审后颁发国家药品临床研究基地证书和牌匾;2005年北京市药监局资格认证后颁发证书;2011年国家食品药品监督管理局对机构进行认证后颁发药物临床试验机构资格认定证书，2017年通过戒毒新增专业认定，目前药物临床试验机构主要负责I期、精神、戒毒的相关临床试验管理和实施。药物临床试验机构负责人是陆林院士，药物临床试验机构办主任是张鸿燕，机构办副主任是刘琦，机构办秘书是李玲芝，另外包括3名专职研究医生，2名专职研究护士。

北大六院药物临床试验机构在完成临床试验研究的同时还筹备、申报亚专科工作，配合国家临床医学研究中心建设，整合资源争取更大的发展，承担多项国家级课题，承担十三五“重大新药创新”科技重大专项GCP平台建设任务，每年定期资助人员进行院外GCP培训，同时每年定期在医院职工中开展GCP和SOP培训，承担多个国家继续教育项目，为全国多家药物临床试验机构培训专业临床研究人员。

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